1912年3月，張謇借南通城南廟宇籍仙觀創(chuàng)辦私立南通醫(yī)學(xué)專門學(xué)校，這是國人最早創(chuàng)辦的私立高等醫(yī)學(xué)院校之一，是我國民辦高等醫(yī)學(xué)教育本土化的發(fā)端。1912年4月，張謇在南通唐閘借資生冶廠創(chuàng)辦南通紡織染傳傳習(xí)所，同年秋改稱南通紡織學(xué)校，次年定名為南通紡織專門學(xué)校。這是中國最早獨立設(shè)置的紡織專科院校。張謇（1853-1926），字季直，號嗇庵，清末狀元。中國近代著名愛國實業(yè)家、教育家，立憲運動領(lǐng)袖。辛亥革命后，促進(jìn)民主共和，拓展地方自治。1853年出生于江蘇海門常樂鎮(zhèn)一個小瓷商兼治小農(nóng)的家庭。1868年考中秀才，1885年順天府鄉(xiāng)試考中舉人，1894年考中恩科狀元，授翰林院修撰。1904年，清政府賞三品銜，任商部頭等顧問官。1909年當(dāng)選為江蘇咨議局議長。1911年當(dāng)選為中央教育會長、江蘇臨時議會議長，同年任江蘇兩淮鹽政總理。1912年任中華民國臨時政府實業(yè)總長。1913年任民國北京政府農(nóng)商總長，1914年任民國北京政府全國水利總局總裁。曾應(yīng)聘主持贛榆選青書院（1888）、崇明瀛洲書院（1893）、安慶經(jīng)古書院（1896）、江寧文正書院（1896）等傳統(tǒng)教育機(jī)構(gòu)。1912年張謇與其兄創(chuàng)辦了私立

1928年6月，張孝若先生召集私立南通醫(yī)科大學(xué)、私立南通紡織大學(xué)和1919年定名的私立南通農(nóng)科大學(xué)的教職工和學(xué)生代表，召開私立南通大學(xué)籌備委員會預(yù)備會。1928年9月，私立南通大學(xué)籌委會召開第五次會議，決定將三所學(xué)校合并，組建私立南通大學(xué)。農(nóng)、醫(yī)、紡三所大學(xué)，分別為私立南通大學(xué)的農(nóng)科、醫(yī)科、紡織科。并上報當(dāng)時的南京國民政府教育部備案待批。

南京國民政府于1929年頒布的《大學(xué)組織法》規(guī)定：大學(xué)分為文、理、法、農(nóng)、工、商、醫(yī)等學(xué)院，具備上述三所以上的高校，有資格稱大學(xué)。私立南通大學(xué)紡織科不在規(guī)定范圍內(nèi)，1930年南京國民政府教育部令“先準(zhǔn)以南通學(xué)院名義立案，俟具備三學(xué)院呈部核準(zhǔn)后再恢復(fù)舊名”。同年11月，私立南通大學(xué)遂更名為私立南通學(xué)院。

1952年8月，華東軍政委員會教育部制定《華東區(qū)高等學(xué)校院系調(diào)整方案》（草案）。方案規(guī)定：南通學(xué)院農(nóng)科獨立改設(shè)蘇北農(nóng)學(xué)院，遷至揚(yáng)州；紡織科紡織、染化二系調(diào)整至華東紡織工學(xué)院；醫(yī)科獨立改設(shè)蘇北醫(yī)學(xué)院，設(shè)于南通學(xué)院原址。公立蘇北醫(yī)學(xué)院于1956年更名為“南通醫(yī)學(xué)院”，1957年更名為“蘇州醫(yī)學(xué)院南通分部”，1958年恢復(fù)“南通醫(yī)學(xué)院”校名。

1958年，南通師范專科學(xué)校建立建，1962年停辦。1976年，以“揚(yáng)州師范學(xué)院南通分院”為名招生。1979年，更名為“南通師范專科學(xué)校”。1959年，成立南通教師進(jìn)修學(xué)院，1963年停辦。1979年11月，建立“南通地區(qū)教師進(jìn)修學(xué)院”和“南通市教師進(jìn)修學(xué)院”。1983年，南通地、市教師進(jìn)修學(xué)院合并，隨之更名為“南通教育學(xué)院”。

1952年全國院系調(diào)整，私立南通學(xué)院紡織科停辦，1977年復(fù)辦，以“南京工學(xué)院南通分院”為名招生。1979年更名為“南通工業(yè)專科學(xué)校”，1980年更名為“南通紡織專科學(xué)校”，1985年升格為“南通紡織工學(xué)院”，1995年更名為“南通工學(xué)院”。

1999年，經(jīng)教育部批準(zhǔn)，南通師范專科學(xué)校與南通教育學(xué)院合并組建南通師范學(xué)院。

2004年5月，教育部正式批準(zhǔn)南通醫(yī)學(xué)院、南通工學(xué)院、南通師范學(xué)院合并組建南通大學(xué)。2004年11月28日，學(xué)校舉行揭牌慶典大會。

2013年7月19日，國務(wù)院學(xué)位委員會發(fā)文，南通大學(xué)被增列為博士學(xué)位授予單位。